超聲波掃描顯微鏡對被測器件是有一定限制的，因為它的工作頻率一般在5MHz~400MHz之間，安賽斯（中國）有限公司引進德國的超聲波掃描顯微鏡，其工作頻率可達550M。所以它在不同材料中，穿透深度是不同。一般有這樣的規律：頻率越高的超聲波，穿透性越差，但是分辨率高；頻率低的超聲波，穿透性好，但是分辨率有限！

穿透深度（與材料本身有關*）: 穿透深度取決于被測物的彈性參數、信噪比及超聲掃描顯微鏡系統的工作頻率。被測物與耦合介質之間較大的聲失配會降低穿透深度，但另一方面，高信噪比可以提 高穿透深度。在高聲阻抗的固體中超聲波的穿透深度與超聲波的頻率成反比。對于低聲阻抗的固體，橫波和縱波均可以用于內部成像，因此在這種情況下穿透深度不 受頻率的限制。
分辨率：取決于樣品和換能器的狀況，一般情況下可達到半波長（λ/2）。